Se han encontrado otros muchos restos arqueológicos en diferentes puntos de la geografía riojano alavesa, como el Poblado de la Hoya, en el término de Laguardia, que es uno de los yacimientos más importantes de la Edad de Bronce del País Vasco, datado mil quinientos años antes de Cristo.
Todos ellos son vestigios de la rica prehistoria de este territorio, que configuran una ruta de gran interés cultural, para visitar en época estival con la familia o amigos.
Más recientemente, las luchas medievales entre navarros y castellanos hicieron que lo que hoy conocemos como Rioja Alavesa cambiara repetidamente de dueños. Pese a contar con el río Ebro como barrera natural que históricamente sirvió como defensa del territorio, fue deseada por muchos reinos. En 1461 pasó del poder navarro al poder de Castilla y en 1486 la villa de Laguardia y sus aldeas se incorporaron definitivamente, por mandato de los Reyes Católicos, a la Hermandad de Álava.
La muy noble, leal y coronada villa de Laguardia, capital de la comarca, fue fundada en el siglo X en lo alto de un cerro, donde emerge alargada y orgullosa, para defender el Reino de Navarra de las agresiones de otros reinos. Es una pequeña y pintoresca población de calles empedradas y angostas, con un importante patrimonio monumental en el que destacan sus viejas murallas y las iglesias fortificadas de San Juan Bautista y Santa María de los Reyes. Esta última, levantada en el siglo XIV, tiene un excepcional pórtico en piedra tallada, que conserva la policromía original del siglo XVII en un excelente estado, gracias a estar a resguardo de las inclemencias del tiempo. Destaca también la Casa Palacio del Fabulista Samaniego, nacido en la villa, que fue edificada en sillería y posee una bella portada neoclásica. O el oficio de La Primicia, del siglo XIV, en la que se recogían los diezmos y primicias. Ambos albergan bodegas que hoy en día son visitables.
En el resto de municipios que conforman la Ruta del Vino de Rioja Alavesa también encontramos importantes recursos patrimoniales, entre los que hay que destacar los cascos históricos de Elciego, Labastida y Labraza, perfectamente conservados. Las murallas de esta última, reconocidas con el premio a la Mejor Ciudad Amurallada del Mundo por el Círculo Internacional de Ciudades Amuralladas, guardan torreones y matacanes catalogados como patrimonio histórico.
También abundan los edificios civiles de gran importancia, como la Casa de los Diezmos de Villabuena de Álava, la Casa del Indiano, en Elvillar, y la casa de Manuel Quintano, en Labastida, que fue el introductor de las técnicas enológicas bordelesas en la España del siglo XVIII. Pero hay también muchas fachadas blasonadas y casas solariegas en otros municipios de la comarca, que se unen al inmenso patrimonio monumental de Rioja Alavesa.
La zona que hoy conforma Rioja Alavesa ha estado habitada desde hace más de 4.700 años, como prueba la construcción megalítica de La Chabola de la Hechicera, en Elvillar, que servía como panteón colectivo, y los dólmenes repartidos por los términos municipales de Laguardia, Leza, Villabuena de Álava, Elvillar y Kripán.
